Majlis Tafsir Al-Qur’an DIY menjadi salah satu bagian tak terpisahkan dari MTA Pusat Surakarta. Pada tahun 1980, beberapa mahasiswa yang pernah mengaji di Surakarta membuat kelompok pengajian seminggu sekali yang dilaksanakan di asrama. Berdasar hasil kaji itu, mereka berusaha untuk mengamalkan dalam kehidupan sehari-hari baik yang menyangkut ibadahnya maupun muamalahnya. Sebagai realisasi kepedulian terhadap orang lain dan menyadari kedudukan khoiru ummah, mereka melaksanakan kewajiban amar  ma’ruf nahi munkar.

Ketua MTA Perwakilan DIY Drs. Emut Khoiri, M.Si., mengatakan masing-masing warga pengajian dengan potensi yang mereka miliki memang didorong untuk melakukan dakwah. Dengan demikian kajian berkembang dengan luas dengan peserta tidak saja dari kalangan mahasiswa, namun juga PNS, TNI, POLRI, pensiunan, buruh dan pedagang. Dosen MIPA UNY itu juga mengatakan beberapa Ustadz MTA DIY mendapat kesempatan mengisi dakwah di RRI Yogyakarta, di beberapa radio swasta, maupun ceramah di masjid pada bulan ramadhan. Melalui media elektronik itulah masyarakat makin mengenal MTA sehingga permintaan untuk isian pengajian oleh ustadz dari MTA semakin banyak.

Sebagaimana awal berkembangnya MTA di Yogyakarta, masyarakat yang merasa cocok dengan model dakwah MTA juga membuat kelompok-kelompok kajian yang diselenggarakan secara rutin. Setelah beberapa tahun berjalan secara istiqomah, kelompok masyarakat tersebut mengajukan permohonan kepada pimpinan MTA Pusat untuk dibuka menjadi cabang resmi. Hingga bulan Juni tahun 2016, MTA DIY telah memiliki 19 cabang yang tersebar di Kota Yogyakarta, Kabupaten Sleman, Bantul, Kulonprogo dan Gunung Kidul termasuk 5 cabang baru yakni Kasihan, Piyungan, Nanggulan, Rongkop dan Karangmojo.